共和国发出的警告未能起到多大的作用。
7月12日，印度国会对锡金问题讨论了一整天，最终通过了一项敦促政府在必要情况下在锡金采取必要行动，以维护印度国内稳定与国家利益的法案。也就是说，印度国会不但正式授权总理采取军事行动，还向总理府施加了压力。
当天，印度军队在锡金展开了针对两支游击队的大规模军事行动。
按照共和国新闻媒体的报道，印度总共出动2个师、约27000名官兵，在甘托克、唐古、拉冲、辛古拉与辛塔姆等地进行大规模围剿行动。为了支援地面行动，印度还出动了数十架作战飞机与上百架直升机，派遣特种部队深入山区，寻找游击队的营地，为轰炸机指引目标。
印军大动干戈，对付的仅仅是2支总兵力不到2000人的游击队。
面对武装到牙齿的印度军队，仅有轻武器与部分轻型迫击炮、火箭筒的锡金游击队只能撤入山区，利用崎岖的地形对付围剿部队。
战斗没有多少悬念，虽然锡金游击队以“放冷枪”的方式干掉了几十名印军，但是在如此强大的敌人面前，锡金游击队基本上连招架之力都没有。
战斗进行到第三天，也就是7月15日，锡金游击队基本上全线崩溃。
部分游击队员逃入一直在暗中支持锡金独立运动的尼泊尔境内，也有部分游击队员越过唐古北面的山口进入共和国境内，更多的游击队员则藏起武器、混入民众之中，以求避开印军的锋芒。
也就从这一天开始，印军的扫荡行动进入第二阶段。
面对逃出锡金的游击队员，印军暂时无计可施。别说越过边境线对付逃入共和国境内的游击队员，就算是对付尼泊尔境内的游击队员，印度都得考虑由此导致的严重后果。印军能够打击的只有那些藏在民众中间，等到扫荡结束后再拿起武器进行抵抗的游击队员。为了维护印度在锡金的利益，印军也必须剿灭留在锡金境内的游击队。
残酷的清剿行动开始。
印军不但没有放过锡金的成年男性，也没有放过壮年女性。只要能够拿起武器作战的锡金人都在印军的“清剿”范围之内。按照印军在15日公布的政策，所有锡金成年人都要到最近的印军驻扎地点申报情况，接受检查。为了找出藏匿在民众中间的游击队员，印军想出了很多办法，还动用了很多先进设备。比如，印军动用了一批从美国引进的“炸药检测仪器”。该仪器不但能够检查出藏在地下数米出的军火，还能发现残留在衣物与人体上的炸药粉末。虽然印军对付“嫌疑犯”的态度比较文明，只要被查出接触过炸药的人员都被临时看管起来，只有在确证其游击队员的身份之后，才移交给军事法庭进行审判，但是印军这么做存在着三个重大问题：一是锡金为独立主权国家，印度没有审判锡金反的法理依据；二是锡金本来就是山地国家，很多人都拥有用来对付野兽或者打猎用的枪支弹药，很难界定狩猎用枪支与游击队枪支；三是游击队员身份的甄别本来就是世界性难题，游击队员只有在拿起武器的时候才是军人，放下武器的时候则是平民，印度逮捕的“嫌疑犯”都没有武器，不能称其为游击队员，也就没有对其进行审判的理由。
可以说，印军将矛头对准锡金平民，使局势完全丧失了转圜余地。
对一个人口仅有数十万的国家，印度出动了近3万部队，抓捕了占其国民总数近15%的“游击队员”，在战斗中打死打伤数千人，还秘密处决了上千人，即便是暗中支持印度的美国都有点坐不住了。
7月16日，美国国务卿布鲁德林飞赴新德里。
虽然布鲁德林的主要使命是为印度提供承诺，或者说为印度打气，但是在会见鲁拉贾帕尼的时候，布鲁德林明确表示，印军在锡金的行动必须有所收敛。