行政班子建立起来之后，商毅的事情也减少了许多，可以把主要精力都投入到军队建设和军事后勤建设中去。枪杆子里出政权，在任何时代都是名副其实的至理名言。因此商毅也十分清楚，军队才是自己在这个时代立足的基础。没有一支强大的军队，其他一切神马都是浮云。
目前驻浙江的商家军一共有四个正式团，两个特种营，铺兵两千多人。共有名类火枪八千多枝，各种大小火炮两百余炮。虽然和这个时代的明军相比，商家军的火器比重以经很高了，但依然还是出现了很大的缺口，目前只有二、三、五团是装配全额的火枪火炮，新组建的第六团虽然也进行了火枪射击训练，但还没有装配上火器。暂时还是只能使用冷兵器。
不过在招兵方面，还是颇有成效，商家军入驻杭州一个多月，以经招募了两千多名新军，现在预备军也有近三千人。另外还收陇了相当一部份在叛乱中被打散的明军，也有三四千人，商毅将他们全都编到预备军中一起训练。如果再加上昌国卫的四千多人马，现在商家军后预备军又有一万左右，差不多又能编成三个团。
同时商家军还有近三万俘虏大军，经过了几个月的强制劳动改造之后，其中有一部份人的表现相当不错，商毅也预备，在开年之后，从俘虏中选拔一批人出来，补充到军队中来。而且这本来就是他计划中的事情。
但这样一来，火炮火枪的缺口就更大了。但这也是没有办法的事情，现在兵工厂的建设才是初居规模，就算是部份投产，至少也要等到明年二三月的时候。现在杭州只能配制枪炮的弹药，而其他从穆陵关迁过来的工匠和商毅在南京要来的工匠，只能暂时在孙和鼎的指挥下，做一些准备工作。而真正想要达到满足全军的供应，至少要等到一年以后。但到那个时候，军队的规模又会进一步的扩大，看来总是一个矛盾的问题。
在资金的物资方面，商家军南下之后，先坑了张献忠一把，在浙汢又吞了叛军搜刮的钱财，在入主杭州之后，共有存银一百三十多万两，不过现在花得也凶，一下差不多用去近三十万两。山东那边还有约六十万两的存银，总体来看供应一二年应该没问题。而在粮食储备方面，现在以经屯集各类米、面、杂米三十余万石，也很充足。有粮有枪，心里不慌。
不过丝绸厂虽然开业了，但想等到有收益，至少也要到半年以后。这事也急不来，毕竟这块根据地才刚刚打下来，百废待兴，一切只能慢慢的来。
而在海军方面，商毅陆续调集浙江各海防卫所的战船，到是又弄到六十多艘战船，不过基本都是昌国卫那样的四百料、二百料小船，不过也是聊胜于无，想形成海上的战斗力，还差得很远。
另外商毅定购的三艘一千料大船都以经开始在胡滨江的造船作坊里开始修建。在杭州建造的船厂也以经选好了地址，就在杭州府和嘉兴府交界的海盐凤凰山脚下，里杭州城大约有五十里的路程，这时也以经开工建设，商毅拔调了五千俘虏劳动力，参与船厂的修建工作。而商家军新成立的海军也驻扎在造船厂附近，一面练军，一面也是管理俘虏。
海军建设是目前军队建设的重中之重，因此商毅把杭州的事情料理清楚之后，立刻又赶到了造船厂，视察造船厂的工程进度。
来到了船厂的地址，只见沿海扎着无数的帐蓬，在帐蓬的一侧，正在修建着数排砖木结构的房屋。留守营地的黄震和胡江滨带着十几个徒弟，出来迎接商毅。而商毅也顾不得休息，就要胡江滨领着自己去观看工程的进行情况。
胡江滨带着商毅一行人来到了海边，只见离海岸约有数百米的地方，以经挖出了一个巨大的长方形大坑。据商毅的目测，这个大圪长约八十米左右，宽约三十米左右，现在以经挖下了一人多深。而在大坑的外围，还砌出一圈围墙。而这时还有无数的人正在坑里坑外工作着。