朱由崧己死，南明的弘光朝廷也彻底终结，那么在这新的一年里，现在的中国大地上，只有一个年号，也就是清顺治三年（1646年）。
这时已是正月初一早上十时左右，但在南京城中，依然是枪炮震开，杀声不绝，激烈的战斗从昨天晚上开始，就一直没有停息过，丝毫没有一点新年的喜庆样子。
尽管这时清军已经攻破了南京的东城、南城，杀入南京城中，但实际控制的区域，只有东边的皇城，和南边秦淮内河以南的地区，而大部份的南京城区，依然还在商家军的控制之中。双方仍然在东、南两条战线上，进行着激烈的争夺。
其实秦淮内河并不箅是一个理想的阻击战线，不仅是因为秦淮内河的河面并不宽，河面上还有十余桥，而且这里太靠近南京的南城墙，另外秦淮河的流向，是呈一个由东向西，但中部凹陷呈v的形状，由其是在穿位于南门大街镇淮桥下的这一段河面，是最靠南端的河段，离聚宝门的城墙只有二三百步，如果清军将火炮架在城墙上，甚致可以直接打到秦淮河的北岸。
但做为一条过渡的阻击战线，秦淮河还是可以充份利用时，由其是现在清军的火炮还没有运进南京，投入战斗的情况下，商家军仍然牢牢的守住了秦淮河的防线，挡住清军向南京城内进攻。
在秦淮河阻击清军的商家军是一个步兵旅，其中四个营以秦淮河上的十余座桥为核心展开阻击，另外两个营则针对于清军的渡河位置，实行游动作战。步兵旅没有配炮兵营，使用的都随团的中小型火炮，虽然威力小、射程近，但却胜在移动方便，在这种阻击战线上使用，非常合适。
清军的进攻自然也是围绕着这十几座桥展开，同时也有一部份从河面上进行，先前渡外秦淮河所用的木筏也全都运进了城里，而且还收集了十几名彩舫，也拼命的在向对岸发动进攻，而且在河岸上还布置下了不少弓箭手，向对岸射击。
虽然内秦淮河的河面不宽，但少说也有六七十米，最宽的地方会达到百米，弓箭的射程根本就不够，只能釆用抛射，但这一来无论准度还是力度，都大大下降，而且商家军有掩体，有盔甲，因此伤害并不大。
商家军的战线收缩之后，布置的防线也更为严密，而且火枪却能够打到对岸，河水中的清军，就更是不在话下。同时还有手榴弹，如果能准确的扔到木筏和船舫里，就会炸死炸伤清军一片，就算是扔到河水里，也有六成左右可以爆炸，虽然炸不到船筏上，但却可以制造出冲天的水柱大浪，使船筏起伏不定。
而清兵就像下饺子一样，纷纷落水。何况还有不少火炮，在船筏的清军几乎毫无抵抗之力，现在正月初一，河水正寒，清兵多是北方人，掉到河水里也是凶多吉少，因此清军虽然兵力众多，却依然无法取得多少进展，相反还损失了不少兵力。
镇淮桥是内秦淮河上最大的一座桥梁，桥面宽达三丈有余，而且是全石砌而成，又是离聚宝门最近，因此也是清军进攻的重点地区。而商毅也把秦淮河防线的临时指挥部设在这里，指挥商家军进行阻击作战。