就在第一军向广徳州发动正面强攻的时候，第三军也向镇江府发动了进攻。
镇江府紧靠南京东面，现在江北的滁州、和州都被商家军占领，不仅挡住了南京西面，而且也成为商家军凸入清军势力内的一把利刃。而镇江府的位置也有相似之处，正好位于扬州府的正对岸，就仿佛在商家军的地盘内，硬生生挖出了一块地方来，双方几乎呈一个犬牙交错之势。
清军在镇江府的防守比广德州更为严密，守卫的兵力达到了三万余人，同时因为镇江离南京较近，因此清军救援镇江，也比广德州更快，最多两天时间，清军的援军就可以赶到了。
而且付责进攻镇江的商家军第三军，是在江南、江北战场上实力最弱的一军，而且全军有相当一部份都是特殊殊兵种，主要的作用是配合其他部队作战，因此也不可能像第一军那样，向镇江直接就发动强攻。好在这一次的主要目标是攻取广德州，并不是一定要攻下镇江，目地只是为了演练一下，水陆两路夹攻一座城市的战术，同样也是为了下一步收复南京积累验经。
杨武丞率军沿着运河进攻，沿路攻取了奔牛镇、吕城镇、小河寨、包港等处，然后直扑镇江南面的丹阳县。
杨武丞指挥着商家军，向丹阳发动了进攻。丹阳县也位于运河边上，是从常州进攻镇江的必经之路，清军在这里驻守了一万兵力，同时也配备了大量的火器。同时也修筑了大量的防御工事，守卫十分严密，再加上第三军也确实不善于打攻坚战，因此商家军一连进攻了二天，但都并没有多少收获。
就在杨武丞进攻丹阳的时候，黄震带领着刚刚成立的长江舰队，也从通州起航，这一次因为是在长江下游作战，而且又是长江舰队第一次出战，因此黄震也把三支分舰队全部都带出来了，大小一共近百艘船只，排成长长的船队，浩浩荡荡逆江而上，向镇江出发。
等船队到达镇江附近的时候，杨武丞仍然带领着部队还没有攻下丹阳，因此黄震也下令船队，就在江中的江州停泊，等待着丹阳的消息。
而就在这时，黄震也收到了商毅的命令，原来统战部己经收到从南京发回来的情报，清军己经出动援军，这次援军是由多铎和洪承畴亲自带队，也是分为水陆两路，赶来来救援镇江。陆路援军由多铎率领，水路援军是由洪承畴带领。
鉴于现在第三军仍然受阻于丹阳县的局面，商毅命令长江舰队出击，先击败清军的水军，挫动清军的士气，然后逆江而上，直接去进攻南京，迫使多铎从镇江府撤军回援。
因此黄震接令之后，立刻就下令舰队起航，去迎战清军的水军。
原来得知商家军两路出击，分别向广徳州和镇江府发动进攻以后，多铎也和洪承畴商议，现在清军的整编工作尚未完成，不可能同时对广徳州和镇江府进行大规模救援，只能从中选择其一，倾全力相救，而另一路就只能放在次要的位置。