这样安排的作战计划，其实也是对目前兵力的一次重新布置。
现在浙江湖北地区一共有五个军，各军的实力的排次是以第一军最强，第二军次之， 第三军再次，第六、七军最差，而商毅打算，在未来的兵力分布是，以实力最强的第一军守北线的江淮地区，实力其次的第二军守南线，也就是保卫南京和杭州的南北两方。以第三、六、七军守卫西线的两湖地区。这样兵力强弱搭配，保证未来的每一个战区都有足够的兵力。
都分配完毕之后，各部队也纷纷出发，而就在这时，商毅也收到消息，在湖北战区被俘虏的商家军的官兵中，有一批人投降了清廷，其中两名比较引人注意的是二十二旅的旅长李本深，被清军授于三等梅勒章京，十四团的团长赵岳，被清廷封为三等阿达哈哈番。而其他四十余人，也都各有封赏。虽然都是爵位，并没有实质性的官职，但也都算是不错了。
从时间上看，这些人大约都是在湖北战区最艰难的时候，最艰苦的战斗中被俘，在那个时候，也正是清军气势最盛，表面上形势一片大好的时侯，因此一些人对商家军的前途失去信心，而产生动摇投敌也不足为奇。事实上在另一时空里的这个时代，许多人都是在明、大顺、清三方之间摇摆不定，反复无常，事三朝四朝屡见不鲜，直到清廷稳定了局面之后，南明各政权逐渐灭亡之后，这种情况才逐渐减少。
商毅虽然没有指望到自己手下的毎一名将士在被俘之后，都能够宁死不倔，毕竟不是每个人在死亡面见都能够保持坚定的立场，但得知到这些人投降清廷之后，心里总还是有一些不愉快。
不过从总体来说，商毅和清军打得虽然很凶，但互相之间投降的将领并不多，清军这边主动向商毅投降的，只有早期的李成栋，和在南京之战前投降的郝效忠等人，而商毅对这些人还是比较宽容，只要是以前没有做恶太多，同意军队接受整编，基本都能够接纳，并且还会给予一定的官职，一来他们是以明将的身份降清，和商毅并没有太大的关系，二来商毅也希望借此分化清军内部，毕竟投降一个清将，可以使自己减少许多麻烦。
而从商家军投降清军的更少，就是像李本深、赵岳这样，也都是在被俘之后才投降，而主动向清军投降的将领，几乎没有。因此李本深和赵岳的投降，并不表示商家军的思想工作做得并不到位。
另外商毅到并不担心他们投降以后，会向清军泄漏自己的机密。因为现在自己这边，除了极少数高尖技术之外，其他并没有太多的机密可言，而如行政方式、经济手段，几乎是完全公开的。至于在战术方面，商毅也并没有太在意，就算清军想要照着学又能怎样，你可以照着商家军的方式组军，训练，但打起仗来能不能运用得好，那是两回事。
在另一时空里。虽然委员长自称将太祖的战术研究透了，但结果还是屡战屡败。就好像是《孙子兵法》人人都看得懂，但能通过学习《孙子兵法》而成为孙武那样的兵圣，又有几个人呢？
现在商毅考虑的是两个问题：一是随着以后自己实力扩大，从清廷投降过来的汉臣也会越来越多，而自己也应该尽可能多的吸引这些人投降，不仅可以直拉削弱清廷的力量，同时还可以激化清廷内部的满汉矛盾，对自已的事业发展当然好处。
但怎样处理投降过来的这些人，现在也要开始认真考虑了，接纳什么样的人投降，不接纳什么样的人投降，满人投降是否也接纳，以前犯过大错误的人该怎么办，而投降人员的功劳丈怎么确定，功过怎样抵消，投降的人应该授予什么样的官职，即能够保证对他们有吸引力，又不至于引起自已内部旧臣的不满情绪等等，这些问题都不能随意决定，应该制定出一个详细的标准来。
而另一个问题就是以前投降清军的原商家军人员，如果想再回归商家军来，又应该怎么对待。