第二天，船队分头而行，宋协昌带领着三条商船扬帆启航，沿海岸线继续南进。又经过一天的航行之后，才驶进了马尼拉湾。
又向前行驶了一段路程，果然在巴石河的入海口处，发现了三艘西班牙军舰。商船上的士兵们也都十分紧张，不过大概是看到他们是商船，又是驶进巴石河，因此西班牙军舰并没有拦截他们，还让开道路，让他们进入巴石河。
实际意义上的马尼拉，其实是包括马尼拉城以及巴石河的两岸的广大地区。因为在这个时代的马尼拉城其是一个小城堡，城市规模大概也就和中国一个小县城差不多，住于马尼拉湾以东，塔阿尔湖北岸，巴石河以南的位置，离巴石河和马尼拉湾都还有一段距离，因此西班牙人又在巴石河的入海口处修建了一座圣地亚哥堡要塞，做为马尼拉城的屏障。而在马尼拉城里居住的，基本都是西班牙士兵，以及到亚州来的冒险者，还有传教士，以及他们的家属、仆人。也有少量的土著贵族。
巴石河南岸被称为巴里安区，北岸称为比农多区，才是真正的商业区，在马尼城的华人有九成以上，都在这里定居，或者开设了商铺，现在林之洋在这里也有一部 份产业商铺，林凤舞就在这里生活了好几年的时间。而且也有不少在马尼城里居住的西班牙人，也在巴里安区或比农多区有自己的商铺、庄园，当然也有不少教堂。另外也有部份归化的土著，还有少量其他的亚州商人，欧州商人都在这里定居。因此在这里也形成了多种文明交汇的局面。
在十七世纪初期，马尼拉也有相当数量的日本人定居，在一六零三年的马尼拉大屠杀中，日本人也充当了帮凶，但随着徳川幕府推行闭关锁国的政策，因此在马尼拉的日本人也逐渐减少，现在己不足两百人，基本都是当初那一批日本人的后代。
进入巴石河之后，就可以发现，在南岸的巴里安区有不少地方都有灭毁的痕迹，而且开张的店铺极少，街道上也少有行人，同时还发现了几批身材矮小的土著人正抢砸一家店铺，而在土著人的后面，还有两名传教士和几名西班牙士兵，正在指指点点，显然是在指挥着土著人。而北岸的比农多区要略好一点，但开门营的商馆还不足一半。
阿科尼亚等几个传教士互相看了一眼，阿科尼亚轻轻叹了一口气，道：“我的主啊，为什么会有这样的情况。”
南京商馆位于巴石河北岸的比农多区，离入海口不足十五里，紧靠着巴石河的一个河港，在商馆前就是一个码头。而且这时己经可以看清，商馆是由两栋三层楼高的建筑组成，在外围还有一道一人多高的围墙。不多时，三艘商船都己经接近了码头。这时张庚秋忽然惊叫道：“看，有人在围攻我们的商馆。”
众人放眼看去，只见有百余名土著人在一个传教士和十几名西班牙士兵的带领下，正在向商馆的方向扑奔而来，而商馆里的伙计们正退入商馆中，关门闭户。
赵铭道：“看来他们己经开始对比农多地区动手了。”
而宋协昌立刻下令，赶快靠岸，同时命令商船上的士兵，立刻准备战斗。
不一会儿，有一艘商船在岸也停靠，这时土著人早就发现了商船，他们一时砸不开商馆的大门，因此都转移到码头上来，准备先打劫商船。同时几个西班牙士兵也大声喊喝，指手划脚。似乎也是指挥着土著先进攻商船。