日本的船队是以长州、仙台两藩为主组成。
本来长州藩的藩主毛利秀就根本不想参与这一次战斗，因为长州藩一直都是徳川幕府的死敌，而且以前长州藩也和中华军的水军交过战，毛利秀就深知中华军的水军船坚炮利，不是日本水军可比的，而且萨摩藩的下场，就是一个例子。
另一方面，中日通商之后，长州藩虽然没有开设与中国的通商口岸，但日本与荷兰的通商点却是设在长州藩，另外长州藩是日本海运，造船最发达的地区，海运实力强，可以更及日本的沿海岸地区，就是当二手转远，也从中获利甚多，因此长州藩不但不要和南京政府发生冲突，而且还打箅在本藩内也向中国开设一个通商口岸。
因此这次徳川幕府下令，让长州藩出兵，毛利秀就也想尽办法推托，反正现在徳川幕府的威势大跌，毛利秀就也不怕和徳川家光翻脸。同时毛利秀就还希望徳川家光和中华军去拼个两败俱伤，这样一来，长州藩正好可以从中取事。
徳川家光也知道，现在不能和毛利秀就闹翻，必竟对徳川幕府不满的大名可不止长州藩一个，因此向毛利秀就抛出了一个诱人的诱饵——只要是长州藩愿意出兵，可以将过去萨摩藩的一半土地让给长州藩，并将长州藩的禄米増加到一百二十万石，为各大名最高。
这一份诱饵确实有着相当大的吸引力，毛利秀就和家臣商议之后认为，如果能够得到萨摩藩一半的土地，长州藩的实力将扩大近一倍，因此也值得出兵。于是毛利秀就这才答应德川家光，同意出动战船一百艘，货船二百艘，水军士兵五千人，其他水手士兵六千人，参加对中国的战斗。
而仙台藩的藩主伊达宗忠到是对徳川家光的命令没有推辞，接令之后，也出动了一共三百艘的船只。
长州、仙台两藩在日本各大名中都是以善于水战而著名，在中日通商之后，也刺激了日本的海运业，因此这两年来各大名都制造了不少船只，因此长州、仙台两藩都可以出动三百艘船来，而其他大各也拼凑出二百多条船，这样才凑齐了八百多船。但日本的造船技术却不是那么容易提高的，因此造出来的船基本都还是老式的八幡船，而且船体也不大，其本都在二百至三百吨右左，也就是四五百料的船只。
水军的主将仙台藩的家臣，老将片仓重长。他是前仙台藩藩主伊达政宗的军师片仓景纲之子，曽代替生病中的父亲领军出征，参加过大阪夏之战，并在那一战中成名。而大阪夏之战也被认为是日本战国时代的结束之战，因此片仓重长也被称为战国最后的名将。
在清廷的援军中，第三支力量是荷兰人。
在年初的时侯，商毅曾就荷兰帮助清军的事情，向荷兰商馆的领事提出抗议，要求荷兰立刻停止对清廷的军事援助，否则将停止与荷兰的贸易合作来往，关闭荷兰商馆。
荷兰商馆的领事官也不敢怠慢，立刻将商毅的通告发到巴达维亚，交给荷兰东印度公司的董事们讨论。但董事会讨论的结果是，尽力支持清廷，遏制南京政府的发展。