在准备对南方进行战争的同时，首先还是要解决台湾问题，毕竟台湾的事情也不能老拖着，另外台湾和褔建，广东隔海相望，一但对南方作战，可以从台湾出击，通过海路直接进攻福建，广东。
因此商毅的计划是首先解决台湾的荷兰人，然后水陆两路，一起出击，以重拳打击福建、广东、广西等地的南明朝廷。而且虽然这时己经进入了十二月，是隆冬季节，但台湾、福建、两广都属于热带地区，并不是十分寒冷，正是对南方用兵的大好季节。
这时南京军区的部队和海军部的各支分舰队也都己经回来，南京军区的第七军也己经赶赴湖南境内作战，统战部又下令，派遣南京军区第十七军的辖二十五师、三十三旅赴台湾作战，而护送十七军的，是海军部的第四分舰队。
第四分舰队的司令官正是台湾省长沈寿崇的另一个弟弟，沈寿岳。其实这时台湾有第三分舰队驻守，不过商毅也但心荷兰的巴达维亚当局会派遣舰队来支援台湾，因此再给台湾曾加一个舰队的海军兵力。
第十七军在十二月十二日从南京出发，到达杭州上船，行向台湾。在十二日十八日，舰队到达台湾。
荷兰人修筑的赤嵌城和热兰遮城都是临海而建，大体位于另一时空里的台南市附近，这里海岸曲折，在两城之间有一个内港，叫做台江港。赤嵌城位于台江港的东侧，热兰遮城于台江港的西侧，两城互为犄角，以台江为东面出海港口，北面以鹿耳门屿为屏，南面以七鲲鯓为障，并且在台江两侧修筑炮台，横锁海面，确实易守而难攻。
从外海进入台江有南北两条航路：南航道在北线尾与一鲲鯓之间；北航道，在北线尾与鹿耳门屿之间。南航道口宽水深，船容易驶入，但港口有敌舰防守，陆上有重炮瞰制，必须经过战斗才能通过。北航道水浅道窄，只能通过小舟，大船必须在涨潮时才能通过。在另一时空里，郑成功是借助海水涨潮，才从鹿耳门屿航道偷渡得手，登上台湾岛。
但现在中华军己经基占领了台湾全境，荷兰人只能全线退守到两城里，而台江港己被先期返回台湾参战的第三分舰占领，击败了荷兰海军，切断了荷兰人的海口通道，沿海的炮台也己全被中华军占领，因此第四分舰队也可以大摇大摆的从南航道直接驶入台江登陆。
沈寿崇和沈寿峣早己经得到了通报，因此也赶到港口来迎接中华军。
十七军的军长叫张立东，是特种兵出身，下船之后，和沈寿崇、沈寿峣等几个人客气了一番之后，立刻就开始谈论现在台湾的形式，巴达维亚方面足否真的援助台湾了。
不过这时台湾的局势也发生了一些变化，因为荷兰的巴达维亚当局确实给台湾派来了一部份援军。
在几个月以前，中原大战激战正酣的时候，荷兰的巴达维亚当局己经从撤离的中国商馆人员那里得知，中国决定与荷兰彻底决裂，终断了两国贸易，同时还要求荷兰撤离台湾。
结果在懂事会里又引发了一番争吵，当初反对支助清廷的董事们纷份指责那些投了赞同票的董事，把局面弄坏了，现在失去了中国这个巨大的贸易伙伴，将使公司的利益受损，他们应该为此付全责，而赞同这一决议的董事则大叫着要用武力教训一下中国，建议巴达维亚的荷兰军队组成远征军，进攻中国，重新打开和中国的贸易犬门。